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機場線提早登記服務
乘搭噴射飛航機場線之乘客，如毋須托運行李，可憑即日出發之船票於澳門碼頭機場線櫃位提早辦理登記手續。
服務時間：每日由上午6時30分至下午4時15分
機場線乘客行李寄存服務
澳門碼頭機場線櫃位為乘搭噴射飛航機場線之乘客提供行李寄存服務，收費如下：
寄存時間 |
收費 (每件) |
| 少於2小時 |
免費 |
| 2至少於４小時 |
$30 |
| 4至少於8小時 |
$50 |
| 8小時或以上（限出發當日內） |
$80 |
客位升級服務
乘客可於候船室甚至登船後，隨時補回票價差額升級至豪華位。
提早登船服務
乘客可前往位於香港港澳碼頭一樓候船室之「提早登船櫃台」登記輪候提早登船，惟此服務須視乎所選班次之座位供應情況而定。
深圳航線「海空聯運快捷通」服務
為了方便利用深圳機場換乘航班及客輪的乘客，噴射飛航與深圳機場邊檢站、深圳機場、機場港務公司及航空公司合作推出「海空聯運快捷通」服務。乘搭國內航班到深圳機場轉乘噴射飛航出境或乘搭噴射飛航入境換乘國內航班的乘客，如遇上特殊情況導致接駁時間緊迫，可與相關工作人員聯絡，即可獲特別安排，享受到各有關單位更快捷的服務。
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